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文明进程20万年，一度统治已知宇宙，文明痕迹遍布全宇宙，无比先进的基因造神工程，引得各星系争相效仿，造就了诸神争辉的繁华盛世。因神灵遍地，力量失衡导致灾难性的诸神黄昏之战。数以万计的神灵陨落，上亿文明消亡，众神几乎死绝。宇宙从此进入封闭文明，休养生息的阶段，神河文明自此瓦解。而神河末期，时光神太空创立超神学院，发展为纯学术性组织，但在三王秩序崩塌后遭到神圣凯莎驱逐，超神科技广为流落，极少数人因此成神。其后太空携带部分基因成果在地球建立超神学院，并搜集地球的神河基因继承者们，故事由此拉开帷幕。
时光神太空：
超神学院校长，掌控时间的至高神灵，醉心于宇宙本源的研究，最后身化永恒的时空。
创造神丁格黑：
超神学院导师，特长高级定义物质，却无法定义自身，在无限的创造中化为虚无。
流浪瑞兹：
超神学院导师，曾在星系中流浪千年，跟随太空校长来到地球创立超神学院，后在巨峡战役中失踪。
杜卡奥上将：
雄兵连总指挥，原诺克萨斯星系高级军官，德诺星系毁灭后携部分科技成果来到地球，负责超神学院联络工作。在巨峡号一役中，被恶魔军团击毙。
怜风中将：
原德玛西亚星系工程师，杜卡奥死后接手雄兵连，是华夏与外星系交流的主要对外负责人。
银河之力葛小伦：
神河文明最强大的战士，结合了诸多文明的基因核心，最后的成就连太空校长也不敢定言，因为叠加效果之下，一切未知。
斗战胜佛孙悟空：
天道文明下的超级战士，拥有三代神体，2000年前曾与潘震大战于地球，被镇压500年。之后辗转反侧，加入超神学院，为捍卫地球而战。
诺星战神刘闯：
诺克萨斯星系的最强基因战士，最纯粹的战斗个体，单纯力量甚至超过银河之力。当这样的基因被一个满嘴胡咧咧的四川小混混继承时，结局只有一个——逗逼的战神。
时空蔷薇：
名义为杜卡奥上将之女，实际是凉冰及卡尔在超神学院共同研究的时空基因产物，作为基因种子被杜卡奥带到地球，性格坚毅，后被莫甘娜认出，再次卷入神与世人的复杂戏码内。
赵信：
神河文明基因，快如闪电的超级战士，因作战英勇被凯莎女王青睐，受到右翼护卫炙心的神圣守护，在一次战斗中继承了炙心的虚空引擎，跻身于神灵之列。
琪琳：
神河超视距狙击手，拥有暗视野，强大的拭神战士。
瑞萌萌：
诺克萨斯文明的基因战士，外号诺星尖刀。
陈耀文：
德玛西亚文明的光盾王族皇子，拥有大地之心，德诺联合星系群被毁后来到地球，巨峡战役后失踪。
蔚：
德玛西亚文明的基因战士。
无极·易：
神河文明的基因战士，巨峡战役后失踪。
菲奥娜：
神河文明的基因战士，巨峡战役后失踪。
苏小狸：
神河文明的基因战士，前世曾与孙悟空相爱。
暗影猎手魏颖：
诺克萨斯文明的基因战士，拭神之力。
杰斯：
诺克萨斯文明的基因战士，超神学院军事教官。
冥河文明：
冥河星系由于空间地理位置拥有得天独厚的星空优势，卡尔从超神学院退隐后来此组建冥河文明，将太空校长的科技成果与特有的冥河恒星体系结合，成功创造出宇宙间最先进的天体计算机大时钟，自此醉心大宇宙时代的推进，爱好是研究死亡和虚空。冥河星系死亡弥漫的特性让智慧种族生厌，无论天使烈阳都不愿涉足，却意外成为诸多在宇宙间无容身之处的兽体、半兽体绝佳的庇护所。得以栖身的文明种族对卡尔报以敬意，尊其为死神。
死神卡尔：
最神秘的神灵，实力未知，拥有着全宇宙已知最强大的天体计算集合，对世界本源的理解几乎超越太空校长。对任何个体均表现得非常友好，但任何事件变动背后似乎都有他的影子。
冥河斯诺：
冥河地狱之神，掌管毁灭的力量，死神卡尔的忠实拥裔。
饕餮王噬獆：
冥河文明治下最高的科技文明饕餮一族统帅，因其对死亡的虔诚信仰，死后被死神卡尔复活，进化为机甲身躯，并赐于虚空引擎，带领饕餮文明大举入侵地球。曾参与伏击天使军团，手染多位高阶天使的鲜血，后在天刃战舰上被连续打开基因锁的银河之力一招斩杀。
饕餮司令官龙貂：
下令毁灭洛阳的罪魁祸首，因惹得莫甘娜动怒，被阿托克斯斩杀。